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El Centro de Biología Computacional

El Centro de Biología Computacional (CCB) es un centro multidisciplinario dedicado a la investigación en genómica, genética, tecnología de secuenciación de ADN y métodos computacionales para el análisis de secuencias de ADN y ARN. CCB reúne a científicos e ingenieros de muchos campos, incluida la ingeniería biomédica, la informática, la bioestadística, la genómica, la genética, la biología molecular, la física y las matemáticas, todos los cuales comparten un interés común en obtener una mejor comprensión de cómo los genes y los genomas afectan la biología. funciones. Desarrollamos y aplicamos tecnología que utiliza datos de secuencia para estudiar una amplia gama de preguntas, que incluyen cómo los genes causan enfermedades, cómo cambian los genes en respuesta a diferentes condiciones dentro de la célula y cómo evolucionan los genomas.

Además de su programa de investigación, CCB proporciona experiencia en bioinformática a departamentos y centros de las Facultades de Medicina y Salud Pública, a través de un grupo de consultoría capacitado en los últimos métodos computacionales para el análisis de secuencias. Más sobre CCB. & raquo


Empezando

La mejor manera de comenzar con el acoplamiento es seguir el tutorial detallado en nuestro artículo de Nature Protocols: “Acoplamiento computacional de ligando-proteína y detección virtual de fármacos con AutoDock Suite. Está disponible gratuitamente en PubMedCentral, y también está disponible en un formato agradable a través de Nature Protocols. Asegúrese de descargar los archivos complementarios, que incluyen varios ejemplos resueltos que puede probar. Este tutorial le presentará tres programas con la funcionalidad principal de AutoDock:

  • AutoDockTools, la interfaz gráfica de usuario que necesitará para preparar archivos de coordenadas de proteínas y ligandos, y analizar los resultados, un programa de acoplamiento simple de un solo paso que es eficaz para la mayoría de los sistemas de proteínas ligando
  • AutoDock, con AutoGrid, realiza el acoplamiento en dos pasos y proporciona más opciones ajustables por el usuario para sistemas con desafíos especiales.

Se encuentran disponibles varios programas de acoplamiento especializados a medida que se familiarice con los sistemas de acoplamiento y encuentro que requieren un tratamiento especial. Éstos incluyen:

    : un programa de acoplamiento computacional con objetivos proteicos flexibles, incluido el movimiento de la cadena lateral y el ajuste inducido: un programa para el acoplamiento computacional de péptidos a objetivos proteicos.

Si está interesado en la detección virtual, Raccoon2 proporciona una interfaz gráfica de usuario dedicada para administrar las coordenadas y el acoplamiento, y analizar los resultados.

También hemos creado herramientas especializadas para diferentes aspectos de la preparación y el análisis del acoplamiento, como el software de predicción de sitios de enlace AutoSite y AutoLigand.


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Proyectos Genoma

Genoma
Genoma
Talla
Centro de secuenciación
(Tecnología)
Ensamblador
Descargas
Publicación
Sequoia sempervirens
(Secuoya costera)
33 Gbp UC Davis (Illumina)
JHU (ONT)
MaSuRCA NCBI
CCB
Anuncio de proyecto
Secuoya giganteum
(Sequoia gigante)
11 Gbp UC Davis (Illumina)
JHU (ONT)
MaSuRCA
Cola de milano HiRise
NCBI
CCB
Anuncio de proyecto
Pinus taeda
(Pino piñonero)
22 Gbp UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA Treegenesdb
CCB
Neale y col., Biología del genoma 2014
Lomentospora prolificans
(Hongo patógeno)
37 Mbp JHU (Illumina)
JHU (ONT)
megahit
MaSuRCA
NCBI
CCB
Salzberg y col., G3 2017
Pinus lambertiana
(Pino de azúcar)
31 Gbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
Treegenesdb
CCB
Stevens y col., Genética 2016
Pseudotsuga mensiesii
(Abeto de Douglas)
18 Gbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA, SOAPdenovo Treegenesdb
CCB
Neale y col., G3 2017
Aegilops tauschii
(Hierba de cabra)
4 Gbp UC Davis (Illumina, BioNano), JHMI (PacBio) MaSuRCA, DeNovoMAGIC NCBI
CCB
Zimin y col., Investigación del genoma 2017
Luo y col., Naturaleza 2017
Triticum aestivum
(Trigo)
15 Gbp UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA NCBI
CCB
Zimin y col., GigaScience 2017
Quercus lobata
(Roble de valle)
750 Mbp UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA
Cola de milano HiRise
NCBI
CCB
Sork y col., G3 2016
Juglans regia
(Nuez inglesa)
620 Mbp UC Davis (Illumina), JHU (ONT) MaSuRCA NCBI
CCB
Martínez-García et al., El diario de la planta, 2016
Juglans microcarpa
(Nuez de Texas)
940 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens y col., G3, 2018
Juglans cathayensis
(Nuez china)
800 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens y col., G3, 2018
Pterocarya stenoptera
(Wignut chino)
950 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens y col., G3, 2018
Juglans hindsii
(Nuez negra de Hind)
650 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens y col., G3, 2018
Juglans nigra
(Pascua de nogal negro)
645 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens y col., G3, 2018
Juglans sigillata
(Nogal de hierro)
645 Mbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens y col., G3, 2018
Macaco rhesus
(Macaco)
2,72 Gbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger, Illumina) MaSuRCA NCBI Zimin y col., Biología Directa 2014
Bombus impatiens
(Abejorro común del este)
250 Mbp Universidad de Illinois (Illumina) SOAPdenovo NCBI
CCB
Sadd y col., Biología del genoma 2015
Megachile rotundata
(Abeja cortadora de hojas de alfalfa)
275 Mbp Universidad de Illinois (Illumina) SOAPdenovo NCBI
CCB
Kapheim y col., Ciencias 2015
Heliconius melpomene
(Mariposa tropical)
269 ​​Mbp Universidad de Cornell (454 / Illumina) CABOG NCBI Consorcio del Genoma Heliconius, Naturaleza 2012
Xanthomonas oryzae
(Xanthomonas)
4,8 Mbp Universidad de Cornell (PacBio) HGAP
Ensamblador Celera, AMOS Minimo
NCBI Booher y col., Genómica microbiana 2015
Meleagris gallopavo
(Pavo doméstico)
1,2 Gbp Roche / VaTech (454), USDA / NIH (Illumina) MaSuRCA NCBI Dalloul y col., Biología PLoS 2010
Bos tauro
(Vaca doméstica)
2,9 Gbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Ensamblador Celera, UMD Overlapper NCBI
CCB
Zimin y col., Biología del genoma 2009
Wolbachia endosymbiont del mosquito Culex (Wolbachia) 1,5 Mbp TIGR, Instituto Broad (Sanger) Ensamblador Celera NCBI Salzberg y col., J. Bacteriología 2009
Francisella tularensis
(Francisella)
1,9 Mbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Ensamblador Celera NCBI Puiu y Salzberg, Más uno 2008
Pseudomonas aeruginosa Pab1 (Pseudomonas) 6,3 Mbp CBCB (Illumina) AMOScmp
Terciopelo
NCBI
CCB
Salzberg y col., PLoS Comp. Biología 2008
Xanthomonas oryzae PXO99A
(Xanthomonas)
5,2 Mbp TIGR (Sanger) Ensamblador Celera NCBI
CCB
Salzberg y col., BMC Genomics 2008
Carica papaya
(Papaya)
370 Mbp Universidad de Illinois (Sanger) Arachne NCBI Ming y col., Naturaleza 2008
tricomonas vaginalis 176 Mbp TIGR (Sanger) Ensamblador Celera NCBI Carlton y col., Ciencias 2007
Brugia malayi 94 Mbp TIGR (Sanger) Ensamblador Celera NCBI Ghedin y col., Ciencias 2009
Caenorhabditis briggsae
108 Mbp Sanger Center (Sanger) Ensamblador Celera NCBI
CCB
Stein y col., PLoS Biol 2003
Tetrahymena thermophila 103 Mbp TIGR (Sanger) Ensamblador Celera www.ciliate.org
NCBI
Eisen y col., PLoS Biol 2006
Trypanosoma cruzi 90 Mbp TIGR (Sanger) Ensamblador Celera NCBI Najib y col., Ciencias 2005
Drosophila pseudoobscura 164 Mbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Ensamblador Celera CCB
NCBI
Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Naturaleza 2007
Drosophila yakuba 166 Mbp Universidad de Washington (Sanger) Ensamblador Celera NCBI
CCB
Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Naturaleza 2007
Drosophila virilis 206 Mbp Agencourt Biociencia
TIGR (Sanger)
Ensamblador Celera NCBI Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Naturaleza 2007

CALIBRAR y GAGE-B son evaluaciones de contigüidad y precisión de ensamblajes que son generados por algunos de los ensambladores de genoma más utilizados. GAGE-B (para conjuntos de organismos bacterianos) sigue los estándares establecidos por GAGE.

Endosimbiontes de Drosophila (mosca de la fruta)

Los ensamblajes de los genomas endosimbiontes se realizaron con AMOScmp, y se pueden obtener de:

Wolbachia endosymbiont de Drosophila annanasae - Entrada GenBank
Wolbachia endosymbiont de Drosophila simulans - Entrada GenBank
Wolbachia endosymbiont de Drosophila willistoni - (contigs) (traceIDs)


Descargar documentos A / L, esquemas de marcado e informes de evaluación

Enlaces actualizados: 11 de abril de 2017

El Departamento de Exámenes ha publicado informes de evaluación para los exámenes de GCE A / L 2012, 2013 y 2014. Ahora puedes descargarlos aquí.

Estos informes incluyen los siguientes detalles:

Prueba de examen para cada asignatura
Esquema de puntuación para cada tema
No de candidatos se presentó a exámenes, calificaciones y análisis de datos
Observación y conclusiones sobre las respuestas de los candidatos.
Consejos y sugerencias sobre cómo escribir buenas respuestas para estudiantes y profesores.


Esto es biología: la ciencia del mundo viviente

Hasta hace poco, la biología ha sido el hijastro olvidado de la ciencia, y muchas personas educadas tienen poca comprensión de cómo la biología explica el mundo natural. Sin embargo, para abordar las principales cuestiones políticas y morales que enfrentamos hoy, debemos adquirir una comprensión de sus raíces biológicas. Este magistral nuevo libro de Ernst Mayr contribuirá en gran medida a remediar esta situación. Testigo ocular del implacable avance biológico de este siglo y creador de algunos de sus aspectos más importantes.

conceptos, Mayr está especialmente calificado para ofrecer una visión de la ciencia que coloca a la biología firmemente en el centro, y una visión de la biología que restaura la primacía del pensamiento evolutivo holístico. Como argumenta de manera persuasiva, las ciencias físicas no pueden abordar muchos aspectos de la naturaleza que son exclusivos de la vida. Los organismos vivos deben entenderse en todos los niveles de organización; no pueden reducirse a las leyes de la física y la química. El enfoque de Mayr está refrescantemente en desacuerdo

con el pensamiento reduccionista que dominó la investigación científica a principios de este siglo, y ayudará a redirigir la forma en que la gente piensa sobre el mundo natural. This Is Biology también puede leerse como una "historia de vida" de la disciplina, desde sus raíces en la obra de Aristóteles, pasando por su letargo durante la Revolución Científica y su florecimiento en manos de Darwin, hasta su espectacular crecimiento con el advenimiento de técnicas moleculares. Mayr traza la superposición territorial

entre la biología y las humanidades, especialmente la historia y la ética, y describe importantes distinciones entre la ciencia y otros sistemas de pensamiento, incluida la teología. Tanto como una descripción general de las ciencias de la vida como la culminación de una vida notable en la ciencia, This Is Biology recompensará enormemente a los profesionales y lectores en general por igual.

Acceso-restringido-artículo verdadero Fecha agregada 2010-10-22 18:56:37 Bookplateleaf 0005 Boxid IA120815 Boxid_2 BWB220140928 Cámara Canon 5D City Cambridge, Mass. [U.a.] Donante coartada Edición 5. imprimir. Urna de identificador externo: oclc: registro: 1036954884 Bibliotecas Extramarc MIT Foldoutcount 0 Identificador thisisbiologysci00mayr Identificador-arca arca: / 13960 / t71v69b42 Isbn 067488468X
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Descargas

El esquema de nomenclatura del "Archivo de sitio de calibración" de SBC sigue el siguiente formato:

Por lo general, APS hace que los rayos X estén disponibles durante tres meses a la vez. Cada ciclo de tres meses se denomina "ejecución" de APS. Entre las ejecuciones de APS, hay un período de apagado de un mes para permitir las actualizaciones y el mantenimiento de los equipos. Las ejecuciones de APS abarcan los meses de:

  • Febrero a abril APS Run_01
  • De junio a agosto APS Run_02
  • Octubre a diciembre APS Run_03

Se proporciona un subdirectorio para cada conjunto de calibración utilizando la convención de nomenclatura beamline_detector_APSrun:

  • el nombre de la línea de luz es 19BM o 19ID
  • el nombre del detector es Q210r o Q315r
  • La ejecución de APS se nombra siguiendo la convención de:
    • Año de 4 dígitos (seguido de un guión bajo)
    • Número de ejecución de 2 dígitos (seguido de un guión bajo)
    • modo de agrupamiento del detector (ya sea compartimiento o lleno)

    Por ejemplo, directorio 19ID_Q315r_2014_02 contiene el conjunto de archivos de calibración para imágenes recopiladas en:

    Utilice su navegador web para descargar cada archivo individual del conjunto de calibración que corresponda a sus datos.

    PRECAUCIÓN: Los archivos contienen una combinación de datos ASCII y binarios. Utilice un modo de descarga adecuado para adaptarse a esto.

    Los archivos en línea representan los archivos del sitio de calibración del año fiscal anterior. Los archivos del sitio anterior se mantienen fuera de línea. Para obtener estos archivos más antiguos, o si tiene alguna pregunta, comuníquese con el personal de SBC.


    La licenciatura

    COMO. Biología El programa de Biología (BIOL) está diseñado principalmente para estudiantes que tienen la intención de transferirse a cualquier carrera relacionada con la biología en un colegio o universidad de cuatro años o para estudiantes que están considerando transferirse a un programa de enfermería o pre-médico. El plan de estudios está organizado para que los cursos se transfieran fácilmente al sistema UC y CSU. El programa brinda a los estudiantes los créditos de transferencia necesarios para la especialización en biología, pero es lo suficientemente flexible como para permitir que los estudiantes elijan e integren áreas informales de énfasis, como un plan de estudios pre-médico, biología celular y molecular, biología orgánica y biología ambiental y de recursos en una biología de división inferior individualizada y variada. programa. Para obtener más detalles, consulte el catálogo de Feather River College.

    Biología en Feather River College

    Las clases de biología son pequeñas (no más de 30 estudiantes) y el trabajo en grupo colaborativo es común. ¡Generalmente no hay lista de espera!

    Muchas clases de laboratorio son al aire libre y aprovechamos los recursos del campus, como el criadero de la universidad.


    CNSB Informes anuales

    Nuestra investigación

    La salud y el desarrollo humanos dependen de redes dinámicas de interacciones físicas y funcionales entre proteínas. Sin embargo, los detalles de estas redes, cómo se forman y cómo funcionan, son en gran parte desconocidos. Más importante, y quizás sorprendentemente, todavía no está claro cómo estas redes funcionan mal en trastornos como el cáncer, la neurodegeneración o las enfermedades cardiovasculares.

    El CNSB tiene como objetivo avanzar en la comprensión fundamental de los mecanismos moleculares que gobiernan la salud y el desarrollo humanos, la biología celular básica y la función normal de las proteínas. Dado que la interrupción de las interacciones de las proteínas es la base de muchas patologías, estos estudios también revelarán las relaciones causales de las enfermedades y los objetivos farmacológicos, lo que ayudará a avanzar en la medicina de precisión.

    Nuestro equipo

    Un talentoso equipo de investigadores del Centro está desarrollando e implementando métodos innovadores de "proteómica funcional". Estos métodos combinan la bioquímica de proteínas, la espectrometría de masas de precisión y la genética molecular junto con enfoques computacionales integradores motivados estadísticamente para caracterizar sistemáticamente la miríada de interacciones de proteínas presentes dentro de las células y tejidos.


    Software de diagramas e ilustraciones de biología: comience a dibujar biología fácilmente

    La biología es la ciencia natural que involucra el estudio de la vida y los organismos vivos. Los diagramas y las ilustraciones de biología se utilizan ampliamente en la actividad científica y educativa para presentar la estructura física, la composición química, la función, el desarrollo y la evolución. El software de diagrama e ilustración de biología está desarrollado para facilitar su dibujo biológico.

    Software de diagrama de biología e ilustración

    Ampliado con una solución de biología profesional, este software de diagrama de biología ofrece un conjunto de herramientas útiles para el dibujo rápido y fácil de varias ilustraciones y dibujos de biología. Con el conjunto de herramientas sencillas pero eficientes, como la cuadrícula, las reglas y las guías, puede rotar, agrupar, alinear, organizar los objetos, usar diferentes fuentes y colores para que su diagrama tenga un aspecto excepcional. Un diagrama de biología de este tipo es más claro y más fácil de editar que uno dibujado a mano en una hoja de papel, y se beneficia mucho al compartir y presentar.

    Descargue el software de diagramas de biología Edraw y compruebe lo rápido y fácil que puede crear diagramas de biología profesionales:

    Requisitos del sistema

    • Funciona en Windows 7, 8, 10, XP, Vista y Citrix
    • Funciona en Windows de 32 y 64 bits
    • Funciona en Mac OS X 10.2 o posterior

    Símbolos del diagrama de biología

    La biología está estrecha y profundamente involucrada en la vida diversa que sucede todos los días. El poderoso software de diagrama de ciencias proporciona bibliotecas de cantidades de símbolos vectoriales relacionados no solo con la biología, sino también con la física, la química, el equipo de laboratorio, las matemáticas y la astronomía, etc. estudio integral. Para los profesores, el uso de este software de diagrama de ciencias definitivamente puede ahorrar tiempo y mejorar la calidad de la clase.

    Células animales

    Células vegetales

    Se necesita muy poco esfuerzo para personalizar los símbolos e ilustraciones biológicos incorporados con la ayuda de herramientas de dibujo en Simbolos pestaña. Utilizar estas herramientas al máximo hace que la creación de diagramas biológicos sea fácil y eficiente.

    Características del software de diagrama de biología

    • Soporte para insertar hipervínculos, archivos adjuntos y notas con un solo clic.
    • Símbolos biológicos incorporados abundantes y exquisitos y ejemplos prediseñados.
    • Prácticas herramientas básicas para el diseño y la alineación automáticos.
    • Archivos de gráficos vectoriales para convertir a una variedad de formatos: imagen, HTML, SVG, archivo PDF, archivos de MS Office como PPT, Word, Excel y Visio, etc.
    • Herramientas de dibujo versátiles para editar elementos integrados o dibujar símbolos biológicos personalizados.

    Ejemplos de diagramas de biología

    Aquí hay algunos diagramas de biología prediseñados de nuestro software. Haga clic en la imagen para descargar el vector y encontrar más ejemplos de diagramas de biología gratuitos para inspirar su dibujo de biología. Se proporcionan más herramientas de dibujo y operaciones de geometría para personalizar ilustraciones biológicas para satisfacer su demanda.

    Otras lecturas


    Ver el vídeo: Examen de Biología 2019 (Enero 2022).